单细胞测序step1——搭建云服务器下网页版Rstudio

时间:2020-8-26 作者:admin


单细胞测序step1——搭建云服务器下网页版Rstudio

为何是云服务器?

之前看到师兄在朋友圈抱怨说服务器28G的内存不够用非常苦恼,之后我就打消了用实体服务器的念头,选择云服务器主要有以下几点原因:

  1. 便宜 ,16核64G+带宽5M+100G附加存储=2.6元/小时(所选配置越高价格越高,暑假有优惠!)
  2. 稳定性好,对于新手来说,云服务器简直是试错神器!!担心自己一顿操作搞坏云服务器?不可能的!搞坏了分分钟可以再开一台,当然,对于已经搭建了各种程序环境,保存有数据的老玩家来说,敲代码还是要慎重。
  3. 分钟级快速批量部署
  4. 灵活调整CPU,内存与硬盘等配置
  5. 多用多付,少用少付****按需计费,随时关机。包年包月咱买不起,但是每天一两小时的小打小闹还是可以的;

按需选购华为云服务器

购买地址
https://www.huaweicloud.com/pricing.html?ticket=ST-3209566-DUkHn1d3PEdDKcbgiZmWYCW4-sso#/ecs
单细胞测序step1——搭建云服务器下网页版Rstudio镜像首选ubuntu,也有windows可选
登陆方式首选**”密码登录“”**(密钥过于复杂)
大部分流程就跟随着网页要求来,选择自己需要的配置资源下单,最后在控制台开启这台属于你自己的云服务器。
重点——获得公网IP123.256.18(例)

windows电脑连接云服务器

在自己电脑上找到cmd命令提示符单细胞测序step1——搭建云服务器下网页版Rstudio

C:\Users\Win10> ssh root@123.256.18 
##输入密码

直接输入ssh root@123.256.18 ,回车然后输密码,进入云服务器

构建网页Rstudio

相较于满屏黑白代码的linux操作风格,相信不少人还是更熟悉windows的可视化界面。其实我们可以通过一系列操作构建云服务器下的可视化Rstdio界面,此时的R虽然跟我们在windows电脑客户端打开的界面一样,但它已经是依附于云服务器的网页Rstudio!

# 首先删除系统自带旧版本的R
sudo apt-get --purge remove r-base  r-base-core r-base-dev
sudo apt-get --purge remove r-base-core
sudo apt-get --purge remove r-base-dev
# sudo apt-get remove -y 'r-cran-*'
# apt-get remove 会删除软件包而保留软件的配置文件r
# apt-get purge 会同时清除软件包和软件的配置文件

#然后更新Ubuntu源文件
## 这里,不同Ubuntu系统有点不一样:
cat /etc/issue
# 18.04
# 使用VIM添加下面代码到/etc/apt/sources.list文件
# deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y  r-base r-base-core  r-base-dev

通常来说,很多R包的安装对R版本是有要求的,比如BiocManager需要 R (≥ 3.5.0),但是并不需要最新版R语言。

R到3.5因为引入了Bioconductor version: Release (3.8),是一个突破性的改变,所以低版本的R必须更新到3.5以上。

sudo su - \
-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/')\""
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.9.923-amd64.deb 

wget  https://download2.rstudio.org/server/trusty/amd64/rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb
sudo gdebi  rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb

安装shiny-server及Rstudio-server
http://123.256.18:8787 打开就是Rsudio网页
单细胞测序step1——搭建云服务器下网页版Rstudio

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